1994-1995 m. prie Kauno šiluminių tinklų prijungti Šakių šilumos tinklai (įsteigti 1983 m.) ir Jurbarko šilumos tinklai (įsteigti 1984 m.).
1995 m. įkurta Savivaldybės energetikos įmonė, kuri reorganizuota į SPAB „Kauno energetika“.
1997 m. rugpjūčio 15 d. reorganizuojant SPAB „Lietuvos energija“, jos filialai „Kauno šilumos tinklai“ ir Kauno elektrinė sujungti į specialios paskirties akcinę bendrovę „Kauno energija“. Tais pačiais metais įsteigtas bendrovės nepagrindinės veiklos gamybinis filialas „Naujasodžio energija“.
1998 m. prie SPAB „Kauno energija“ buvo prijungta SPAB „Kauno energetika“, kurios pagrindu buvo įsteigtas filialas „Kauno energijos paslaugos“. Filialo veiklos kryptys – pastatų šildymo ir karšto vandens tiekimo įrenginių ir sistemų eksploatavimas, paslaugos įvairioms organizacijoms, bendrijoms, privatiems asmenims tvarkant pastatų šildymo sistemas.
Taip pat 1998 m. Šakių šilumos tinklai ir Jurbarko šilumos tinklai buvo atskirti nuo „Kauno šilumos tinklų“ suteikiant atskirų SPAB „Kauno energija“ filialų įgaliojimus.
2000 m. rugpjūčio 8 d. pakeistas bendrovės statusas – įregistruota dabartinė akcinė bendrovė „Kauno energija“.
2001 m. nuo bendrovės atskirtas filialas Šakių šilumos tinklai, kuris tapo savarankiška UAB „Šakių šilumos tinklai“.
2003 m. AB „Kauno energija“ pardavė jai priklausiusią Kauno elektrinę Rusijos dujų koncerno „Gazprom“, Lietuvos įmonės „Dujotekana“ ir JAV įmonės „Clement Power Venture Inc.“ konsorciumo įsteigtai UAB Kauno termofikacijos elektrinei. Pagal pardavimo metu pasirašytą sutartį, iš elektrinės bendrovė 15 metų pirko šilumą.
Tais pačiais metais atskyrus nuo bendrovės filialą „Naujasodžio energija“, jis tapo dukterine AB „Kauno energija“ įmone UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“. UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“ veikla – durpių gavyba, vamzdžių izoliavimas poliuretanu, vamzdynų ir šilumos mazgų montavimo ir remonto darbai bei poilsio namų veikla. 2005 metų balandžio mėn. UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“ ir jos veikloje naudotą turtą įsigijo Vokietijos durpių gavybos įmonės „Klassman-Deilmann“ bei Lietuvos bendrovės „City Plaza“ konsorciumas.
2006 metais AB „Kauno energija“, siekdama pagerinti paslaugų kokybę, įsteigė dukterinę įmonę UAB „Pastatų priežiūros paslaugos“, atliekančią pastatų šilumos tinklų ir šilumos naudojimo įrenginių, vidaus inžinerinių tinklų, sistemų, statybinių konstrukcijų eksploatavimą bei priežiūrą. Pasikeitus šilumos ūkio įstatymui, nuo 2012 m. liepos 1 d. ši dukterinė įmonė negalėjo teikti šildymo ir karšto vandens sistemų priežiūros paslaugų, todėl 2012 m. nuspręsta įmonę reorganizuoti atskyrimo būdu.
2008 m. birželio 25 d. bendrovė pardavė Palių katilinę, esančią Marijampolės rajone, Marijampolės miesto savivaldybei.
2011 m. liepos mėn. AB „Kauno energija“ uždarė paskutiniuosius 8 Kaune likusius grupinius šilumos punktus (boilerines), iš kurių buvo tiekiama šiluma ir karštas vanduo daugiabučiams namams. Tuo buvo baigta vykdyti šilumos punktų renovavimo programa, nacionaliniu mastu patvirtinta dar 1996 metais ir vykdyta visoje Lietuvoje. Vykdydama šią programą, AB „Kauno energija“ iš viso uždarė 123 mieste ir rajone veikusius grupinius šilumos punktus, o vietoje jų įrengė daugiau nei 1300 modernių automatizuotų šilumos punktų daugiabučiuose namuose.